Perbedaan Antara Ligasi Blunt dan Lengket

Perbedaan Utama - Lunt Blunt vs Sticky End
 

Restriksi endonuklease adalah enzim spesifik yang memotong DNA beruntai ganda (dsDNA). Mereka juga dikenal sebagai gunting molekuler dalam biologi molekuler. Enzim restriksi mampu mengenali sekuens pendek spesifik dari dsDNA yang dikenal sebagai situs pengenalan dan ikatan fosfodiester dan hidrogen untuk membuka untaian ganda. Sebagai akibat pembelahan oleh enzim ini, fragmen DNA diproduksi dengan berbagai jenis ujung seperti ujung lengket dan ujung tumpul. DNA ligase adalah enzim yang digunakan dalam biologi molekuler untuk bergabung dengan dua untai DNA yang berdekatan dengan membentuk ikatan baru. Langkah ini dikenal sebagai ligasi dan sesuai dengan jenis DNA yang diikat, mereka dapat disebut sebagai ligasi ujung tumpul dan ligasi ujung lengket. Perbedaan utama antara ligasi tumpul dan lengket adalah bahwa ligasi ujung tumpul terjadi antara fragmen DNA yang mengandung dua ujung tumpul sedangkan ligasi lengket ujung terjadi antara overhang 5 'dan 3'. Dibandingkan dengan ligasi ujung tumpul, ligasi ujung lengket lebih efisien dan stabil.

ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Utama
2. Apa itu Blunt End Ligation
3. Apa itu Sticky End Ligation
4. Perbandingan Berdampingan - Blunt vs Sticky End Ligation
5. Ringkasan

Apa itu Blunt End Ligation?

Beberapa restriksi endonuklease dapat memotong DNA pada basis yang berlawanan dan menghasilkan fragmen DNA tumpul. Enzim ini dikenal sebagai pemotong ujung tumpul; mereka membelah lurus ke tengah-tengah situs restriksi tanpa meninggalkan pangkalan menjuntai tunggal yang terdampar. Ujung tumpul juga dikenal sebagai ujung yang tidak menjuntai karena mereka tidak memiliki pangkalan menjuntai 3 'dan 5' di ujungnya. Kedua helai berakhir dari pasangan basa di ujung tumpul. Enzim pemotongan ujung tumpul yang umum adalah EcoRV HaeIII, AluI dan SmaI.

Ligasi ujung tumpul terlibat antara dua ujung tumpul. Ini bukan ligasi pangkalan yang menonjol. Ligasi ini kurang efisien daripada ligasi lengket. Namun, dalam beberapa kesempatan, ligasi ujung tumpul menjadi lebih menguntungkan daripada ligasi ujung lengket, terutama ketika mengikat produk PCR. Produk PCR selalu diproduksi dengan ujung yang tumpul. Ligasi ujung tumpul tidak membutuhkan ujung pelengkap dalam DNA untuk ligasi.

Gambar 01: Produksi akhir tumpul oleh enzim Eco RV

Apa itu Ligasi Ujung Lengket?

Beberapa restriksi endonuklease dapat memotong dsDNA, meninggalkan potongan DNA beruntai tunggal di ujungnya. Ujung-ujung ini dikenal sebagai ujung lengket atau menggantung. Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang mengandung overhang yang cocok karena ujung lengket dimiliki dengan basa tidak berpasangan dan membutuhkan basa pelengkap untuk membentuk ikatan. Oleh karena itu, perlu menggunakan enzim restriksi yang sama untuk kedua sumber DNA untuk menghasilkan fragmen pengikat yang cocok.

Ligasi ujung lengket lebih efisien dan sering sangat diinginkan dalam proses kloning. Ada beberapa enzim restriksi yang menghasilkan ujung lengket. Mereka adalah EcoRI, BamHI, HindIII dll.

Gambar 02: Produksi akhir lengket oleh enzim Eco RI

Apa perbedaan antara Blunt dan Sticky End Ligation?

Blunt vs Sticky End Ligation
Ligasi ujung tumpul terjadi antara dua fragmen DNA ujung tumpul.	Ligasi ujung lengket terjadi antara dua fragmen DNA yang cocok dengan ujung lengket.
Enzim
Pemotong ujung tumpul menghasilkan ujung tumpul.	Pemotong ujung lengket menghasilkan ujung yang lengket atau kohesif.
Persyaratan untuk Mencocokkan Berakhir
Itu tidak membutuhkan fragmen yang cocok atau basis pelengkap.	Dibutuhkan basa pelengkap di ujungnya untuk membentuk pasangan basa.
Efisiensi
Ini kurang efisien daripada ligasi ujung lengket	Ini lebih efisien daripada ligasi ujung tumpul.

Ringkasan - Blunt vs Sticky End Ligation

Endonuklease restriksi mampu membelah dsDNA dan menghasilkan fragmen DNA dengan ujung yang berbeda. Mereka mengenali urutan spesifik dan membatasi DNA yang menciptakan ujung yang lengket dan tumpul. Ujung yang lengket memiliki pangkalan yang tidak berpasangan di ujung fragmen. Ujung tumpul dibuat karena pembelahan lurus dan mereka memiliki pasangan basa di ujungnya. Ligasi ujung lengket membutuhkan dua potongan DNA untai tunggal yang saling melengkapi. Ligasi ujung tumpul terjadi antara dua fragmen ujung tumpul. Inilah perbedaan antara ligasi tumpul dan lengket.

Referensi:
1. Roberts, Richard J. "Bagaimana enzim restriksi menjadi bahan kerja biologi molekuler." Prosiding Akademi Sains Nasional. Ilmu Pengetahuan Nasional Acad, n.d. Web. 12 April 2017
2. Adnan, Amna. Penggunaan Enzim Pembatasan dalam Bioteknologi. N.p., n.d. Web. 12 April 2017

Gambar milik:
1. “Situs Pembatasan EcoRV.rsh” Oleh Ramin Herati - Dibuat dengan Inkscape (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
2. "Restriction enzyme Eco RI" Oleh Tinastella - Pekerjaan sendiri (Public Domain) melalui Commons Wikimedia